该寺院历史详情无现有文字史料记载，当地传说史建于唐代，后多次战火兵匪多次毁坏严重，最后一次修缮在清末民国初年，后香火鼎盛寺院无力承受分建三处下院：灵山庵（位于现广东省河源市连平县高莞镇丁村后灵山坑内），龙驯庵（位于现广东省河源市连平县忠信中学食堂处），狮子岩（位于现广东省河源市和平县狮子岩）。三处下院历史在雍正八年版连平州志寺观一章有记载。高莞镇徐村瓦窑屋村民吴娘石于2005年无意发现家中一民国年间寺院手抄本《灵鹫山寺记》并送交寺院作为仅存文物保管。该游记是当地一乡绅曾绍贯于民国年间游历本寺所写，开篇写有：“灵鹫山寺者，吾乡之名胜。山未有名，是有是寺，山因而名之。”现该文物保存与灵鹫禅寺，复印件由寺院报送连平县档案局、连平县宗教局，河源市宗教局、高莞镇人民政府作为历史资料存档。
2004年4月，连平县民族宗教局批准寺院恢复开放宗教活动，2007年，经县宗教局协调，当地村民同意归还寺院土地264.22亩山地支持寺院恢复重建，并于当年在县国土局登记发给寺院土地证。2007年，省民族宗教委员会将该寺院进行登记备案。
目前该寺院正在恢复重建中，现道路和供电并未接通，交通可通过山间便道抵达。
