端午节是夏季的节日，此时蚊虫较多，且容易得传染疾病，所以古时候在五月时常有虫害、瘟疫。但是端午节香囊选用的中草药具有散风驱寒、健脾和胃、理气止痛、通九窍等功能，且大都含有挥发油，气味清香纯正、持久，多数中药有效成分对多种细菌和病毒、霉菌有不同程度的抑制或杀灭功能，从而可以起到避邪驱瘟的作用。
不仅如此，这些芳香物质通过呼吸道进入人体，可兴奋神经系统，刺激机体免疫系统，促进抗体的生成，对多种致病菌有抑制生长的作用，可提高身体的抗病能力。同时，药物气味分子被人体吸收以后，还可以促进消化腺活力，增加分泌液，从而提高了消化酶的活性，增强食欲。经常将香囊放在衣兜、枕旁，可预防流感、白喉、水痘、流行性脑膜炎、麻疹等传染病的发生。
传说，古时候每年的四、五月间各种虫害、瘟疫严重地威胁着人们，玉皇大帝便派了一位神仙下凡，察访民情，治理瘟害。神仙发现同是天下人，心眼不一般，有的人好，有的人坏，他便惩恶护善，掏出五色香袋对善良的人说：每年五月初五，你们同家里的小孩戴上它。身上戴香包，门上插艾蒿，瘟病全除掉，吉祥光高照。奇怪的是，从那以后凡是带香袋的大人小孩，虫害见了便逃之夭夭，而没有香袋的恶人们不免被虫害、毒疫毒死了。因此，端午节就有了佩香囊防虫害、邪祟的习俗。
